ภาควิชาปรสิตวิทยาเดิมเป็นหน่วยปาราสิตวิทยา อยู่กับแผนกพยาธิวิทยาของคณะแพทยศาสตร์
โรงพยาบาลนครเชียงใหม่ มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์
ในปีพุทธศักราช
2507 รัฐบาลได้จัดตั้งมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ขึ้น คณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลนครเชียงใหม่
จึงได้โอนไปสังกัดมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ เรียกคณะแพทยศาสตร์เชียงใหม่
ซึ่งในขณะนั้นยังมีเพียง 12 แผนกวิชา
ต่อมาในปีพ.ศ. 2511 หน่วยปาราสิตวิทยาได้ยกฐานะเป็นภาควิชาปาราสิตวิทยาในคณะแพทยศาสตร์
มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ตามมติสภาการศึกษาแห่งชาติ โดยมีศาสตราจารย์นายแพทย์ประยุทธ ฐิตะสุต เป็นหัวหน้าภาควิชาคนแรก
และต่อมาในปี พ.ศ. 2534 สภามหาวิทยาลัยเชียงใหม่ให้ความเห็นชอบในการเปลี่ยนชื่อภาควิชาปาราสิตวิทยา เป็นภาควิชาปรสิตวิทยา
ผู้ดำรงตำแหน่งหัวหน้าภาควิชาปรสิตวิทยาในอดีตถึงปัจจุบัน มีจำนวน 7 คน